L'origine del nome di Castropignano è assai incerta: diversi studiosi ritengono derivi da uno degli insediamenti dei Sanniti Pentri, Castrum Expugnatum, raso praticamente al suolo durante le guerre coi romani.
Altri invece fanno derivare il nome dalla Palombino del Sannio Pentro, distrutta anche'essa dai Romani nell'anno 419 a.C. 
I primi insediamenti nel territorio di Costropignano si possono far risalire al V-IV sec. a.C. ad opera di pastori sanniti.
Fece parte prima del Ducato di Benevento, quindi del castaldato di Boxano, assegnato ai bulgari di Alezeco, stanziatosi in quel periodo nel ducato di Benevento. Proprio per questa ragione, il feudo divenne una colonia slava, anche se, col passare degli anni, gli immigrati si integrarono perfettamente coi residenti senza praticamente lasciare alcuna traccia della loro cultura.